Un septum vaginal est une anomalie vaginale qui se partage dans le vagin; un tel septum pourrait être longitudinal ou transversal. Chez certaines femmes touchées, le septum est partiel ou ne s’étend pas sur la longueur ou la largeur du vagin.

La douleur pendant les rapports sexuels peut être un symptôme. Un septum vaginal longitudinal se développe au cours de l’embryogenèse lorsqu’il y a une fusion incomplète des parties inférieures des deux canaux de Müller. En conséquence, il peut sembler y avoir deux ouvertures vers le vagin. Il peut y avoir des duplications associées des parties plus crâniennes des dérivés de Müller, un double col de l’utérus et soit un septum utérin, soit un utérus didelphys (double utérus).

Un septum transverse se forme pendant l’embryogenèse lorsque les canaux de Müller ne fusionnent pas avec le sinus urogénital. Un septum transversal complet peut apparaître dans le vagin à différents niveaux. Le flux menstruel peut être bloqué,  et est une cause d’aménorrhée primaire. L’accumulation de débris menstruels derrière le septum est appelée crypto ménorrhée. Certains cloisons transversales sont incomplètes et peuvent entraîner une dyspareunie ou une obstruction du travail.